Институт за филозофију је научна јединица у оквиру Одељења за филозофију као основне наставно-научне јединице Филозофског факултета у Београду матичног за филозофију. Стога, може се разликовати унутрашња организација Института од укупне организационе структуре Факултета од које рад Института зависи.
Радом Института руководи управник. Управник Института се бира на период од три године, из реда наставника или истраживача у научном звању који су у радном односу на Факултету, са могућношћу једног поновног избора. Управника Института бира Научно веће Института, по прибављеном мишљењу Одељења за филозофију, а његов избор потврђује Наставно-научно веће Факултета. За свој рад, управник Института је одговоран Научном већу, Већу Одељења за филозофију и Наставно-научном већу Факултета.
Стручни орган Института је Научно веће Института које чине сви истраживачи у научном звању који учествују у реализацији његових пројеката и најмање три наставника које из својих редова изабере Одељење за филозофију. У састав Научног већа могу ући и истакнути стручњаци које изабере Веће Одељења за филозофију на предлог Научног већа Института. Научно веће обавља послове који се односе на реализацију научне делатности Института.
Научно веће има председника који руководи његовим радом, а којег бира Научно веће на период од три године.